Si queremos usar codecs no propietarios tenemos que seguir las instrucciones de
http://wiki.debian.org/MultimediaCodecs
e instalar todo lo que dice allí
Luego ir a
http://code.google.com/p/winff/downloads/detail?name=presets-libavcodec5...
bajarla, descomprimirla y copiar su contenido en el archivo de configuracion de presets de Winff ubicado en tu carpeta de usuario.
Esto agregará más perfiles de compresión al Winff.
Eso es todo, abra su Winff y disfrute :)